Dalam proses dan kegiatan pembelajaran LPII Nurul Musthofa menerapkan kurikulum terpadu untuk mencapai visi dan misi serta tujuan lembaga.
Kurikulum yang diterapkan yaitu:
- Kurikulum Pendidikan Nasional yang berlaku
"Sesuai dengan kurikulum nasional yaitu K-2013 dan KTSP"
- Kurikulum kepesantrenan (dirasah islamiyah)
"Hadits, Tarikh, Bahasa Arab, dan Ketauhidan"
- Kurikulum dirasah al-Quran
"Qiroah dan Tahfid al-Quran beserta ilmu tajwid"
- Kurikulum muatan khusus LPII Nurul Musthofa
"Bahasa Inggris, Komputer, Listening-Speaking, dan Aritmatika Sempoa"
Dalam membina akhlak dan kegiatan pembiasaan yang baik, maka diterapkan hidden curricullum yang bentuk kegiatan dan pendampingan belajar meliputi:
- Sholat Dluha.
- Membaca dan menghafal asmaul husna.
- Sholat Dluhur dan Ashar berjamaah.
- Nurul Musthofa Carity : Infak dan Santunan yatim piatu.
- Kegiatan kepemimpinan dan kewirausahaan.